Terlahir sebagai anak prajurit, Letnan Jenderal TNI Eko Margiyono menghabiskan masa kecilnya hidup berpindah-pindah. Perjalanan nomaden itu akhirnya membawa ia tinggal di Jakarta.

Setelah lulus dari Akademi Militer pada tahun 1989, pria kelahiran Semarang itu langsung mengikuti pendidikan Komando Pasukan Khusus (Kopassus). Karier militer Eko Margiyono kemudian dimulai dengan menjadi Komandan Unit di Batalyon 22/Manggala Yudha Grup 2 Kopassus.

Sepanjang kariernya, penerima Bintang Yudha Dharma ini telah menempati posisi-posisi strategis. Gubernur Akmil, Danjen Kopassus, Pangdam Jaya, Pangkostrad, dan Komandan Kodiklat TNI adalah jabatan-jabatan yang pernah ia duduki.

Mulai 21 Maret 2024, alumnus Program Pendidikan Singkat Angkatan 21 Lemhannas RI ini menjabat sebagai wakil gubernur di almamaternya.