Sekretariat Utama adalah unsur pembantu pimpinan yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Gubernur Lemhannas RI. Sekretariat Utama dipimpin oleh Sekretaris Utama.

Sekretariat Utama mempunyai tugas mengkoordinasikan perencanaan, pembinaan dan pengendalian terhadap program, administrasi dan sumber daya di lingkungan Lemhannas RI.

• Pengkoordinasian, sinkronisasi dan integrasi di lingkungan Lemhannas RI;
• Pengkoordinasian perencanaan dan perumusan kebijakan teknis Lemhannas RI;
• Pembinaan dan pelayanan administrasi ketatausahaan, organisasi, tata laksana, kepegawaian, keuangan, kearsipan, persandian, perlengkapan, dan rumah tangga Lemhannas RI;
• Pembinaan data dan informasi, hubungan masyarakat dan protokol di lingkungan Lemhannas RI;
• Pengkoordinasian penyusunan peraturan perundang-undangan yang berkaitan dengan tugas Lemhannas RI;
• Pengkoordinasian dalam penyusunan laporan Lemhannas RI.